Một lý thuyết hiện đại dựa trên một nghiên cứu về cấu trúc di truyền của mọi người là người Nam Đảo (Austronesian) từ Đài Loan đã định cư tại Luzon và di chuyển về phía nam tới Visayas, Kalimantan, Indonesia, sau đó đến các đảo ở Thái Bình Dương và phía đông Ấn Độ Dương.[10]. Việc nghiên cứu mặc dù vậy không thể giải thích được sự di cư giữa các hòn đảo, mà cũng có thể, chẳng hạn như người Tagalog di cư đến Luzon.

Theo quan niệm dân gian của người Visayas, người Visayas là những người Mã Lai từ các đế chế sụp đổ Srivijaya và Majapahit di cư từ Kalimantan tới đảo Mindanao và Visayas, trong khi nhưng người Mã Lai khác đến Palawan qua ngả Sabah. Những người Mã Lai khác có thể đã vượt qua đảo Samar đến vùng Bicol ở Luzon. Quan điểm này cho rằng các nhóm bộ lạc cổ xưa đã đi qua Palawan có thể đã di cư đến đảo Luzon ngày nay.

Một lý thuyết bổ sung là ở thời kỳ đó, người dân Mã Lai đã di chuyển về phía bắc từ Mindanao tới Visayas và Luzon. các nhóm người Âu và người Hoa khác nhau cũng đã lai tạp với dân bản địa trong thời gian đó.